건강보험료 연말정산 — 보수총액 3월 31일 통보 · 정산 · 분할납부 12회

1. 다음 해에 다시 정산하는 이유

직장가입자의 보수월액은 지급받는 보수를 기준으로 산정합니다(국민건강보험법 제70조 제1항). 연도 중에는 그 해 보수 총액이 확정되지 않으므로, 보수월액보험료는 전년도 보수 총액으로 산정한 보수월액을 기준으로 먼저 부과하고 다음 해에 확정되는 해당 연도 보수 총액으로 보수월액을 다시 산정해 정산합니다(같은 법 시행령 제34조 제1항). 보건복지부장관이 고시하는 금액을 보수로 보는 직장가입자는 그 기간의 정산을 생략할 수 있습니다(같은 항 단서).

공단은 통보받은 보수 총액을 전년도에 그 사업장에 종사한 기간의 개월수로 나눈 금액을 보수월액으로 결정합니다. 사용자가 해당 연도 보수의 평균 인상률 또는 인하율을 공단에 통보한 경우에는 이를 반영합니다(시행령 제36조 제1항). 이 보수월액은 매년 4월부터 다음 해 3월까지 적용합니다. 연도 중 자격을 취득하거나 변동된 사람은 자격 취득 · 변동일이 속하는 월(매월 2일 이후에 자격이 변동되면 익월)부터 다음 해 3월까지 취득 · 변동 시의 보수월액을 적용합니다(시행령 제34조 제2항).

2. 보수총액 통보 — 3월 31일까지

사용자는 매년 3월 31일까지 전년도 직장가입자에게 1월부터 12월까지 지급한 보수의 총액과 사업장에 종사한 기간 등 보수월액 산정에 필요한 사항을 공단에 통보합니다. 보건복지부장관이 고시하는 금액을 보수로 보는 직장가입자는 통보를 생략할 수 있습니다(시행령 제35조 제1항). 이 기한은 2026년 9월 15일 개정(대통령령 제36675호, 2026년 10월 1일 시행)으로 3월 10일에서 3월 31일로 연장되었습니다. 사업장이 폐업 · 도산하거나 일부 직장가입자가 퇴직하는 등의 경우에는 그때까지 지급한 보수 총액 등을 통보합니다(같은 조 제2항).

사용자가 소득세법 제164조의3 제1항에 따라 전년도 직장가입자에게 지급한 보수 총액에 관한 간이지급명세서를 제출하면 통보한 것으로 봅니다. 다만 기재 사항의 누락 · 오류로 공단이 보수월액 산정에 필요한 사항을 확인할 수 없으면 그렇지 않습니다(시행령 제35조 제3항). 공단은 근로자 연말정산을 국세청 근로소득 간이지급명세서로 연계정산하며, 국세청에 제출한 자료가 없거나 보수가 상이한 경우 등 보수총액통보서로 신고하려면 「간이지급명세서 연계정산 제외(취소) 신청서」를 제출하라고 안내합니다.

통보 서류는 사용관계가 계속되면 직장가입자 보수 총액 통보서(별지 제26호서식), 연도 중 제35조 제2항의 사유가 생기면 직장가입자 자격상실 신고서(별지 제8호서식)입니다(시행규칙 제40조). 보수가 지급되지 않는 사용자(개인사업장 사용자)는 매년 5월 31일까지, 성실신고확인서를 제출한 사용자는 6월 30일까지 수입 자료를 제출하거나 수입금액을 통보합니다(시행령 제38조 제1항).

3. 정산 — 반환 또는 추가징수

공단은 원래 산정 · 징수한 보수월액보험료가 다시 산정한 보험료보다 많으면 그 초과액을 사용자에게 반환하고, 부족하면 부족액을 사용자로부터 추가로 징수합니다(시행령 제39조 제1항). 공단은 이때 지체 없이 사용자에게 문서로 알리고, 통지를 받은 사용자는 지체 없이 직장가입자에게 알립니다(시행규칙 제42조).

사용자는 반환받거나 추가 납부한 금액 중 직장가입자가 반환받을 금액과 부담할 금액을 해당 직장가입자와 정산합니다(시행령 제39조 제3항). 근로자인 직장가입자의 보수월액보험료는 직장가입자와 사업주가 각각 50%씩 부담하며(사립학교 교원은 직장가입자 50% · 사용자 30% · 국가 20%), 사용자는 직장가입자 부담분을 보수에서 공제해 납부하고 공제액을 알려야 합니다(국민건강보험법 제76조 제1항 · 제77조 제3항).

4. 추가징수금액 분할납부

추가징수금액 중 직장가입자가 부담하는 금액이 직장가입자 보수월액보험료 하한액 이상이면, 사용자의 신청에 따라 12회 이내의 범위에서 분할하여 납부할 수 있습니다(시행령 제39조 제4항). 하한액은 전전년도 평균 보수월액보험료의 1천분의 50 이상 1천분의 85 미만 범위에서 보건복지부장관이 고시하는 금액입니다(시행령 제32조 제2호 가목). 정산과 분할납부의 세부 사항은 공단 정관으로 정합니다(시행령 제39조 제5항).

개정 시행(2026년 10월 1일) 전에 공단이 보험료를 다시 산정한 경우로서 시행 당시 부족액을 추가징수하고 있거나 시행 이후 추가징수하는 경우에는 종전 기준을 따릅니다(대통령령 제36675호 부칙 제2조).

5. 장기요양보험료도 함께 정산합니다

장기요양보험료는 건강보험료와 통합하여 징수하고, 공단은 두 보험료를 구분하여 고지합니다(노인장기요양보험법 제8조 제2항). 장기요양보험료는 국민건강보험법에 따라 산정한 보험료액에서 경감 · 면제되는 비용을 공제한 금액에 건강보험료율 대비 장기요양보험료율의 비율을 곱해 산정합니다(같은 법 제9조 제1항). 이 비율을 소수점 이하 다섯째자리에서 반올림하도록 하는 개정 규정은 2026년 11월 27일에 시행되며, 시행일이 속하는 월(2026년 11월)의 장기요양보험료부터 적용합니다(법률 제21690호 부칙 제1조 · 제3조). 공단의 연말정산 내역 계산식에도 요양보험료가 포함됩니다.

2026년 보험료율은 4대보험 요율 2026에 정리했습니다.

6. 퇴직할 때의 정산

사용자는 직장가입자의 사용 · 임용 · 채용 관계가 끝나면 해당 직장가입자가 납부한 보수월액보험료를 다시 산정해 근로자와 정산한 후 공단과 정산 절차를 거칩니다. 보건복지부장관이 고시하는 금액이 적용되는 기간에 부과한 보험료는 정산을 생략할 수 있습니다(시행령 제39조 제2항). 퇴직자의 소득세 정산은 중도 퇴사자 연말정산에 정리했습니다.

근거 : 국민건강보험법 제70조 제1항 · 제76조 제1항 · 제77조 제3항, 같은 법 시행령 제32조 · 제34조 · 제35조 · 제36조 · 제38조 · 제39조, 같은 법 시행규칙 제40조 · 제42조, 대통령령 제36675호(2026. 9. 15.) 개정이유 · 부칙, 소득세법 제164조의3 제1항, 노인장기요양보험법 제8조 · 제9조 · 부칙(법률 제21690호), 국민건강보험공단 「직장보험료 보수총액 신고」 · 「건강보험 연말정산내역 조회」 안내 · 2026. 9. 10. 공지. 2026년 10월 기준이며, 개별 사안은 국민건강보험공단(1577-1000) 확인을 권합니다.